Eines der Hauptprobleme bei der Meerwasserentsalzung ist der hohe Energiebedarf, und Kohlenstoffemissionen aus dem Energieerzeugungsprozess können negative Auswirkungen auf die Umwelt haben. Konzentrierte Solenebenprodukte aus dem Entsalzungsprozess stellen ebenfalls ein großes Problem dar, und diese Chemikalien können eine potenzielle Gefahr für die menschliche Gesundheit darstellen, wenn sie nicht ordnungsgemäß gehandhabt werden.